幼き日に最愛の母親、トリシャ・エルリックを亡くした
兄・エドワードと弟・アルフォンスのエルリック兄弟は、
母親を生き返らせようと、錬金術における最大の禁忌、
人体錬成を行う。しかし錬成は失敗し、エドワードは
左脚を、アルフォンスは自らの身体全てを失ってしまう。
エドワードは自身の右腕を代価として、アルフォンスの魂
を鎧に定着させることに辛うじて成功したが、自分達の
愚かさに気づく。その後エドワードは自ら失った右腕と
左脚に機械鎧（オートメイル）を装着し、仮の手足を手に
入れる。　　　　
12歳となったエドワードは国家錬金術師となり、二つ名
「鋼」を授けられ、アルフォンスと共に元の体に戻る為、
絶大な力を持つ賢者の石を探す旅に出る。しかし、
旅先では数々の試練がエルリック兄弟を待っていた。
エドワードを「人柱」と語る人造人間（ホムンクルス）や、
国家錬金術師を狙う傷の男（スカー）など、謎の敵が
現れる。さらには目的を同じくする異国の者達まで現れ、
兄弟の旅は波乱を究める。かつて起こった
「イシュヴァール殲滅戦」を巡る陰謀が漂う中、
兄弟は絆を深めながら元の体に戻る方法を探し続ける。
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